La Communauté de Communes du Pays Riolais a été créée le 29 décembre 1999, en substitution du Syndicat Intercommunal pour le Développement Economique du canton de RIOZ – SIDE. 

Le SIDE avait été crée en 1994, avec 14 communes, ayant comme compétence principale : le développement économique.

Au fil des années, la Communauté de Communes a intégré plusieurs syndicats avec l’accroissement de ses compétences :
- le syndicat d’OPAH, dissous le 31/12/1993,
- le syndicat intercommunal pour la gestion de la halte garderie, mini-crèche de Voray-sur-l’Ognon est dissout et intégré à la CCPR par arrêté préfectoral du 5 août 2002,
- le syndicat du collège a été dissout au 31 décembre 2005 et intégré à la CCPR par arrêté préfectoral du 16 décembre 2005.

Elle s'est également retirée de plusieurs syndicats :
- retrait du SICTOM de Villersexel, par arrêté préfectoral du 24 mai 2004,
- retrait du SICTOM du secteur de Gray par arrêté préfectoral du 10 septembre 2004,
- retrait du SICTOM du Val de Saône,
- retrait du SIDOM de Cussey-sur-l’Ognon au 1er janvier 2004.

 La Communauté de Communes du Pays Riolais compte 33 communes. Sa population légale au 1er janvier 2022 est de 12954 habitants (population légale INSEE).